엘니도는 팔라완 지방의 북서쪽 끝에 위치해 있으며 마닐라로부터 남서쪽으로 4백 30 킬로미터, 팔라완의 수도인 프에르또 프린세사로 부터는 236 킬로미터 정도 떨어져 있다.